Il toponimo della villa trova le sue origini probabilmente nel termine Guarda o Guardia, forse dovuto alla presenza di qualche opera difensiva preesistente in loco.

La struttura trova le sue origini nel XV secolo, quando la nobile famiglia bergamasca dei Mazzoleni divenne proprietaria di vaste estensioni in località Varda e vi costruì una propria residenza.

Nel 1670 Fabio Mazzoleni, ultimo erudito esponente della famiglia, annesse alla villa una cappella, inserita tra il verde del parco, nella quale progettò la propria sepoltura. Per mancanza di eredi la villa fu lasciata inizialmente a Ottavio Negri, zio di Fabio, ma poi passò a numerosi proprietari, tra i quali si ricordano gli ultimi, i Morpurgo: a metà XIX secolo tale casata, oltre a restaurare gli edifici, diede, per volontà di Carlo, l’aspetto attuale al parco, con adeguamento alla moda vigente dei parchi all’inglese; Mario Morpurgo invece si ricorda per aver lasciato in eredità Villa Varda e l’intera tenuta di San Cassiano alla Curia.

Ultimo e attuale proprietario è la Regione Friuli-Venezia Giulia, che ne ha fatto un parco comunale aperto a tutti.